L’élaboration d’une politique cohérente de l’UE envers l’Arctique a mis en exergue la protection et l’inclusion des peuples autochtones. Dans ses conclusions, le Conseil Affaires étrangères de décembre 2009 a encouragé un dialogue avec les dirigeants autochtones, pour que l’autodétermination et la viabilité continuent de guider les peuples de la région de l’Arctique. Ce n’est pas simple, les populations autochtones sont confrontées à des problèmes importants puisque l’Arctique fait de plus en plus l’objet de visées commerciales d’Etats et d’entreprises.

L’exploitation des ressources naturelles est une source majeure de croissance économique dans la région. Vu l’isolement de cette dernière, la plupart des sites manquent d’infrastructures de base, et les entreprises doivent construire les routes, les canalisations et les conduites, nécessaires à une main-d’œuvre en nombre. Ces activités sont toutefois précaires et se lier à une seule source a été dommageable pour certaines villes, surtout lors de la crise financière récente. La population autochtone ne suffit pas pour répondre à la forte demande de main-d’œuvre que nécessitent certains projets d’envergure. La main-d’œuvre « importée » augmente le nombre de non-autochtones et marginalise les habitants d’origine.

Le Pacte international relatif aux droits civils et politiques, qu’ont ratifié tous les pays de l’Arctique, protège les droits des Inuits, en particulier la Convention internationale du travail No. 169. Celle-ci a été créée en 1989, mais n’a été ratifiée que par le Danemark et la Norvège. Les peuples autochtones arctiques de l’UE bénéficient toutefois de dispositions particulières de la législation européenne, au titre du Protocole 3 de l’Acte d’Adhésion de la Suède et de la Finlande. Reste qu’il est difficile de faire respecter ces droits parce que le parcours d’une plainte dans le système judiciaire peut prendre dix ans.

Les populations autochtones sont confrontées à leurs gouvernements également. Lors d’une réunion récente du Conseil circumpolaire inuit (ICC), les représentants européens ont dû faire face à un feu nourri de critiques concernant l’embargo des produits dérivés du phoque, que les populations natives du Canada et du Groenland assimilent à une nécessité culturelle et économique. L’ICC et d’autres dirigeants inuits ont porté plainte contre l’UE à la CEJ et le dossier a été abordé à l’OMC par Ottawa. Les dirigeants units se sont offusqués de leur mise à l’écart des réunions des cinq Etats côtiers. La réunion du 29 mars 2010 a vu le Canada, les Etats-Unis, la Russie, la Norvège et le Danemark débattre strictement entre Etats.